Odpowiednio ustawić diva. Nie wiem jak konstruujesz theme, ale odnośnie drugiej kolumny to będzie np:
<div style="position: absolute; top: 0px; left:XXXpx; width:XXXpx;" >
<?php include (TEMPLATEPATH . '/sidebar2.php'); ?>
</div>
Aktualizacja: Skye była szybsza...